日本で唯一の大工道具の博物館です。選りすぐった約１千点の大工道具のほかに、吹き抜け空間にそびえる７メートル超の唐招提寺金堂の組物模型、また、数寄屋の繊細な仕事が見えるスケルトン茶室などを展示しています。また、「宮大工がいる博物館」という特色を活かして、大工の技を間近にみることができるワークショップなども企画しています。（木工室イベントについてはＨＰにて詳細要確認）

※※神戸市立博物館リニューアルに伴い下記の期間休館します。※※
■平成30年（2018）2月5日より平成31年（2019）11月1日まで
旧居留地に建つ博物館。国宝や重要文化財を含む、約4万点の館蔵品があり、古地図のコレクションや神戸に関する歴史資料などが収蔵されています。建物は昭和の名建築といわれる、旧横浜正金銀行（現三菱東京UFJ銀行）神戸支店ビルが転用されています。

船の仕組みやクルーズ客船の魅力、港の施設や海・船・港の歴史と未来を体験する博物館。
古の時より時代とともに移り変わる港と街の様子を、航海計器や船具の「実物」や「ジオラマ模型」「映像」「グラフィック」などで、海・船・港の「過去」「現在」「未来」をわかりやすく紹介しています。

また「阪神淡路大震災」で崩れたメリケン波止場の一部を「神戸港震災メモリアルパーク」として保存。震災で得た教訓を後世に伝えています。2006年より、神戸港の開港以来、その歴史とともに歩んできた川崎重工業が企業博物館「カワサキワールド」を隣接展開。

アンパンマンの世界が広がるミュージアム。アンパンマンが登場するステージ、好奇心をくすぐる遊具や仕掛けがいっぱい。限定グッズやフードのお店が並ぶモールも人気。2018年3月には、ばいきんまんをテーマにした「バイキンひみつ基地」もオープン。